應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組和外顯子組測(cè)序分析不同年齡組的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中基因表達(dá)與突變的差異
摘要：目的探討通過(guò)轉(zhuǎn)錄組和外顯子組測(cè)序分析不同年齡組的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的差異。方法多形性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)數(shù)據(jù)下載自TCGA項(xiàng)目。將樣本分為2組,不高于60歲的樣本為中低年齡組,共78例;高于60歲的樣本為高年齡組,共76例。使用R語(yǔ)言DESeq2軟件包對(duì)RNA-seq原始基因水平的reads數(shù)目數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)分析。使用Cytoscape插件Clue GO進(jìn)行不同年齡組別差異表達(dá)基因功能富集分析。結(jié)果 GBM致病基因在兩組之間大部分基因表達(dá)趨勢(shì)一致,但存在差異基因。在中低齡組中差異基因主要和神經(jīng)前體細(xì)胞增殖相關(guān),而高年齡組偏重于代謝方面。在兩組中高突變的基因有很多重疊。樣本突變率不同的基因主要為中低年齡組特有,且具有高樣本突變率的基因。結(jié)論中低年齡組和高齡組GBM患者在基因表達(dá)和基因突變上存在明顯差異。
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解剖學(xué)報(bào)雜志
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