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    腎透明細胞癌中長鏈非編碼RNA SNHG12的生物信息學分析

    作者:張曉彤; 周亞男; 朱玉翠; 胡成進; 曹源 濰坊醫(yī)學院醫(yī)學檢驗學系; 山東濰坊261053; 濟南市第三人民醫(yī)院檢驗科; 山東濟南250132; 濟南軍區(qū)總醫(yī)院實驗診斷科; 山東濟南250031

    摘要:目的:探討長鏈非編碼RNA(lncRNA)SNHG12在腎透明細胞癌(ccRCC)中的意義,并對SNHG12進行靶基因預測,為SNHG12在ccRCC中的進一步研究提供借鑒。方法:利用UALCAN數(shù)據(jù)庫分析ccRCC中SNHG12的差異表達,并對SNHG12進行生存分析;利用RegRNA2.0、HMDD、targetscan、starBasev3.0、microT-CDS平臺預測SNHG12的靶基因,構建SNHG12-microRNAs-mRNAs調控網絡;運用FunRich平臺對預測的靶基因進行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信號轉導通路富集分析。結果:SNHG12在ccRCC中的表達明顯增高,SNHG12高表達患者的總生存期較低表達患者明顯縮短。SNHG12上存在3個與ccRCC相關的microRNAs(hsa-miR-138-5p、hsa-miR-454-3p、hsamiR-497-5p)的可能結合位點,從而調節(jié)下游的288個靶基因,構成SNHG12-microRNAs-mRNAs調控網絡。在生物學過程中,microRNA靶基因高度富集到堿基、核苷、核苷酸和核酸代謝調節(jié)等過程。KEGG通路分析中,microRNA靶基因高度富集到內皮素、IFN-γ等介導的信號通路。結論:SNHG12在ccRCC中表達增高,有望成為ccRCC新的潛在生物學標志物。利用生物信息學方法進行靶基因預測,可為后續(xù)SNHG12在ccRCC中的機制研究提供方向。

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