Cel48F產(chǎn)物排出過程中酶-底物相互作用及關(guān)鍵殘基的分子動力學(xué)模擬
作者：劉天志; 董瑩; 鄂鏡雯; 韓菲; 李卓; 張浩 盛實百草藥業(yè)有限公司; 天津300000; 吉林大學(xué)理論化學(xué)研究所; 吉林長春130061; 吉林大學(xué)白求恩制藥廠; 吉林長春130012
摘要：使用分子動力學(xué)模擬方法,通過對比產(chǎn)物在不同結(jié)合位置時的構(gòu)象和對其相互作用的統(tǒng)計學(xué)分析,研究了Cel48F水解前后及產(chǎn)物排出過程中酶與產(chǎn)物間相互作用的變化,揭示了一些關(guān)鍵殘基及其作用.結(jié)果表明,在底物剛發(fā)生水解后,產(chǎn)物主要在Glu 44和Trp 611輔助下向出口移動一個小的距離,使其遠離剩余底物和關(guān)鍵催化殘基,防止逆反應(yīng)發(fā)生,在繼續(xù)向出口移動過程中,在產(chǎn)物結(jié)合裂縫上方的殘基Trp 411的疏水相互作用下,內(nèi)側(cè)糖單元向上方移動并與Trp 411相鄰的Thr 410形成氫鍵,而外側(cè)糖單元在Asp 494作用下移動很小,使產(chǎn)物在裂縫中轉(zhuǎn)動,有利于外界水分子進入并包裹產(chǎn)物,最終實現(xiàn)產(chǎn)物排出.
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沈陽大學(xué)學(xué)報·自然科學(xué)版雜志
沈陽大學(xué)學(xué)報·自然科學(xué)版雜志， 雙月刊，本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向，堅持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進性、創(chuàng)新性，刊載內(nèi)容涉及的欄目：材料與化工、生物與環(huán)境、信息與控制、建筑與土木、數(shù)學(xué)與物理等。于1988年經(jīng)新聞總署批準的正規(guī)刊物。
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